• 1964-1970 жылдары Целиноград медицина институтының бірінші ректоры болып медицина ғылымдарының докторы, профессор, Ленинград әскери-теңіз медицина академиясының түлегі Станислав Дмитриевич Полетаев тағайындалды. Осы жылдары кафедраларды ұйымдастыру және Қазақстан мен Ресей Федерациясының медициналық жоғары оқу орындарынан оқытушы-профессор құрамын жинақтау бойынша үлкен жұмыс атқарды. 1964 жылы 1- курсқа 300, 2-курсқа 100 студент қабылданды. 1964 жылдан бастап 1969 жылға дейінгі кезеңде студенттерді медициналық мамандықтар бойынша толықтай оқытуға қажетті негізгі 35 кафедраның барлығы жасақталды, Пушкин көшесінде жатақхана ғимараты салынды. Қазақ КСР Денсаулық сақтау министрлігінің бұйрығымен 1965 жылы институттың 17 адамнан тұратын Ғылыми кеңесінің алғашқы құрамы бекітілді. Қысқа мерзім ішінде ЦMИ Қазақстандағы ең ірі және беделді университеттердің біріне айналды. С. Д. Полетаевтың жетекшілігімен 1 докторлық және 16 кандидаттық диссертация қорғалды.

• 1970-1978 жылдары ЦМИ-ді медицина ғылымдарының кандидаты, доцент Николай Михайлович Хоменко басқарды. Осы жылдары Целиноград қаласындағы жоғары оқу орындарының арасында алғаш рет «Хирургия» және «Қалыпты анатомия» мамандықтары бойынша кандидаттық диссертацияларды қорғау үшін диссертациялық кеңес ашылды. 1973 жылы ректордың жетекшілігімен алғаш рет кафедрааралық ғылыми-зерттеу зертханасы ұйымдастырылды. Оның бастамасы мен қажыр-қайратының арқасында жаңадан тоғыз қабатты 2 жатақхананың құрылысы басталып, дәрісханалар жаңартылды. 1974 жылы институттың 10 жылдығына орай 15 докторлық, 72 кандидаттық диссертация қорғалды. Бұл жылдары 4 доктор және 86 медицина ғылымдарының кандидаты жұмыс істеді, 2400 студент оқыды.

• 1978-1997 жылдары Университетті медицина ғылымдарының докторы, профессор Валентин Гаврилович Корпачев басқарды, оның беделі мен ұйымдастырушылық қабілеті педиатриялық, медициналық-биологиялық факультеттерді, орта медициналық қызметкерлерді даярлайтын факультетті ашуға мүмкіндік берді. Университетте алғаш рет пәндерді мемлекеттік тілде оқыту қолға алынып, практикалық денсаулық сақтаумен байланыс нығая түсті. Студенттермен идеологиялық тәрбие жұмысына ерекше көңіл бөлінді. Институт жатақханаларында жыл бойы емдеу-сауықтыру профилакторий жұмыс істеді, қызығушылық клубтары ұйымдастырылып, табысты жұмыс істеді: интернационалдық достық клубы, драма студиясы, бал би студиясы, домбыра оркестрі, джаз тобы, бард ән клубы, спорт секциялары, студенттік құрылыс жасақтары ұйымдастырылды. 1990 жылы орталық ғылыми-зерттеу зертханасы (ОҒЗЗ) ашылып, 8 қабатты оқу корпусы мен шағын отбасылық жатақхана салынды. 1992 жылы «Патологиялық физиология» мамандығы бойынша кандидаттық диссертациялар қорғау жөніндегі диссертациялық кеңес жұмысын бастады және оны басқарған кезде университеттің оқытушы-профессорлар құрамының арасынан ғылым докторлары мен кандидаттарының саны артты. 250 оқытушының ішінде 19 медицина ғылымдарының докторы мен 131 кандидаты болды.  

• 1997-2001 жылдары Ақмола мемлекеттік медицина академиясын медицина ғылымдарының докторы, профессор, Қазақстан Республикасы Ұлттық ғылым академиясының академигі, бірқатар Халықаралық ғылым академияларының толық мүшесі, Қазақстан Республикасының еңбек сіңірген қайраткері, оториноларингология және кәсіптік патология саласындағы танымал ғалым Тулебаев Раис Қажкенұлы басқарды. 1997 жыл жоғары оқу орнының мәртебесі артқан жыл болды. ҚР Үкіметінің 25.02.1997 жылғы №263 қаулысымен ЦММИ Ақмола мемлекеттік медицина академиясы (АқмолММА) болып қайта құрылды. Осы кезеңде «Хирургия», «Травматология», «ЛОР аурулары» мамандықтары бойынша докторлық диссертацияларды қорғау жөніндегі 3 диссертациялық кеңес ашылды. Р.Қ.Тулебаевтың бастамасымен Ғылыми-зерттеу институттары мен Ғылыми орталықтардың 10 филиалы ашылды: Хирургия ғылыми орталығының, Ана мен бала ғылыми орталығының, Урология ғылыми орталығының, Педиатрия және балалар аурулары ғылыми орталығының, Саламатты өмір салтын қалыптастыру ғылыми орталығының, Онкология және радиология ғылыми-зерттеу институтының, Туберкулез ғылыми-зерттеу институтының, Кардиология ғылыми-зерттеу институтының және Тері-венерологиялық аурулар ғылыми-зерттеу институтының филиалдары. Жаңадан «Медициналық-биологиялық іс» факультеті ашылып, алғаш рет республикалық маңызы бар «Aстана медицина журналы» және «Валеология» журналдары шығарыла бастады.  

• 2001-2004 жылдары Ақмола мемлекеттік медицина академиясын медицина ғылымдарының докторы, профессор, Азиялық радиациялық зерттеулер қауымдастығының вице-президенті, Нью-Йорк Ғылым академиясының толық мүшесі, Қазақстан Педагогикалық ғылымдар академиясының академигі, медициналық радиобиология саласындағы көрнекті ғалым Қазымбет Полат басқарды. 2003 жылы Ақмола мемлекеттік медицина академиясы Қазақ мемлекеттік медицина академиясы болып өзгертілді. П.Қазымбеттің бастамасымен «Дәрігерлердің біліктілігін арттыру факультеті», «Фармацевтика», «Стоматология», «Шығыс медицинасы» факультеттері, «Орта медицина қызметкерлерінің факультеті», «Үздіксіз кәсіптік дамыту және қосымша білім беру факультеті» ашылды, «Микробиология», «Сот медицинасы» мамандықтары бойынша кандидаттық диссертация қорғау жөніндегі диссертациялық кеңестер ашылды. П.Қазымбет Астана медицина университетінің бас корпусын салуға бастамашы болды және оған қол жеткізді. 2004 жылы Радиобиология және радиациялық қорғау институтын ашты, радиобиологтар мектебін құрды.

• 2004-2007 жылдары Академияны медицина ғылымдарының докторы, профессор, Қазақстан Республикасы Медицина ғылымдары академиясының академигі, Қазақстан Республикасы Мемлекеттік сыйлығының лауреаты Досқалиев Жақсылық Ақмырзаұлы басқарды. Ол басқарған жылдары академия жанынан Қазақстан Республикасы медициналық жоғары оқу орындарының Оқу-әдістемелік бірлестігі (ОӘБ) құрылды, әкімшілік-оқу корпусы салынып, пайдалануға берілді, оқу процесін жетілдіру жұмыстары жалғастырылды, компьютерлік орталық құрылды, ұлттық жаңа білім беру стандарты енгізілді, тұңғыш рет мемлекеттік тілді дамыту бөлімі ашылды және «Оториноларингология» ғылыми-практикалық журналы шыға бастады. Осы жылдары академияда 56 ғылым докторы мен 150-ден астам ғылым кандидаты қызмет етті.

• 2007-2008 жылдары Қазақ мемлекеттік медицина академиясының ректоры медицина ғылымдарының докторы, профессор Тапбергенов Тимур Салауатұлы болды. Оның тұсында білім беру процесіне оқытудың инновациялық технологияларын енгізу бойынша белсенді жұмыстар жүргізілді, Қазақ мемлекеттік медицина академиясы «Қазақ медицина академиясы» АҚ болып қайта құрылды.

• 2008-2010 жылдары «Қазақ медицина академиясы» АҚ-ты медицина ғылымдарының докторы, профессор, Қазақстан Республикасының еңбек сіңірген қайраткері, Әл-Фараби атындағы Қазақстан Республикасы Мемлекеттік сыйлығының лауреаты, Халықаралық «Алтын адам» сыйлығының лауреаты Жұмаділов Жақсыбай Шаймарданұлы басқарды. 2009 жылғы 6 қаңтардан бастап (№81 Қаулы) «Қазақ медицина академиясы» АҚ «Астана медицина университеті» АҚ болып қайта құрылып, Ұлттық медициналық холдингінің құрамына кірді. Университеттің акционерлік қоғам және Ұлттық медициналық холдингінің мүшесі ретіндегі нормативтік-құқықтық базасы әзірленді, ЖОО басқарудың ұйымдық құрылымы өзгертілді. Осы жылдары алғаш рет Парквей колледжі (Сингапур), Колумбия университетімен (Нью-Йорк, АҚШ) және Дунай университетімен (Вена, Австрия) серіктестікте Іскерлік әкімшілендіру магистрлерін (MBA) даярлау бағдарламасы енгізілді, университетті дамытудың 2010-2014 жылдарға арналған стратегиялық жоспары әзірленді, мемлекеттік тілді дамыту және тіл саясаты бөлімі ашылды, студенттерді ағылшын тілінде оқыту басталды, Австрия, Жапония, Сингапур, Иран, АҚШ және Ресей елдерінің жетекші университеттерімен байланыс орнатылды. «Медициналық білім мен ғылымның инновациялық технологияларының республикалық орталығы» ЖШС құрылды, 7 мамандық бойынша докторлық диссертацияларды қорғау бойынша 2 диссертациялық кеңес жұмыс істеді. Осы жылдары Университетте 51 доктор және 180-нен астам ғылым кандидаттары, 33 профессор және 69 доцент қызмет етті.

• 2010-2019 жылдары Университетті осы жоғары оқу орнының түлегі, медицина ғылымдарының докторы, профессор, Қазақстан Республикасы Ұлттық ғылым академиясының, Қазақстан Педагогикалық ғылымдар академиясының академигі, Еуропалық жаратылыстану ғылымдары академиясының академигі, ҚР еңбек сіңірген қайраткері Шайдаров Мажит Зейноллаұлы басқарды. Осы жылдар ішінде медициналық білім беруді жаңғырту және халықаралық қатынастарды кеңейту саласында үлкен жетістіктерге қол жеткізілді. АҚШ, Еуропа және Азия елдерінің 80 шетелдік университеттерімен және ұйымдарымен білім және ғылым саласында шарттар жасалды және алғаш рет Үндістан мен Пәкістан елдерінің студенттері университетке оқуға қабылданды, Бельгия, Греция, Испания, Норвегия және Оңтүстік Корея елдерінің медициналық университеттерінде ОПҚ-ның және білім алушылардың оқу мүмкіндігі ұсынылды. 2011 жылы «Астана медицина университеті» АҚ медициналық жоғары оқу орындарының Ұлттық бас рейтингінде 1 орынды иеленді, сапа менеджменті жүйесін (EFQM) енгізу нәтижелері бойынша университет «Мойындалған кемелдік» - 5 жұлдыз сертификатын алды. Ректордың бастамасымен және оның тікелей басшылығымен «Астана медицина университеті» АҚ музейі ұйымдастырылды.         

                                                 

• 2019-2021 жылдары Университет ректоры болып Денсаулық сақтау жөніндегі Еуропалық комиссияның ғылыми тобының мүшесі, Еуропалық зерттеулер, инновациялық және ғылыми саясат жөніндегі сарапшылар тобының мүшесі, профессор Дайнюс Павалькис тағайындалды. Осы жылдары Университет жоғары білім берудің көп деңгейлі жүйесіне ауысу саласында көшбасшылардың бірі болды, Қазақстанның медициналық жоғары оқу орындары арасында бірінші болып медициналық және ғылыми-педагогикалық кадрларды көп деңгейлі даярлауды бастады, Ғылыми кеңес 41 адамнан тұратын Университет Сенаты болып қайта құрылды. 2011 жылдан бастап Болон процесін жүзеге асыру аясында университетте халықаралық академиялық ұтқырлық кеңінен қолданылуда – алыс және жақын шетелдердің медициналық университеттерімен денсаулық сақтау, медициналық білім беру және ғылым саласындағы ынтымақтастық туралы меморандумдар жасалды. Осы жылдары Университетте 6000-нан астам студент білім алып, штатта 812 оқытушы жұмыс істеді, оның ішінде 92 ғылым докторы, 211 ғылым кандидаты, 27 PhD докторы, 50 профессор және 87 доцент.

• 2021 жылдан қазіргі уақытқа дейін «Астана медицина университеті» КеАҚ-ты   PhD доктор, С.Д. Асфендияров атындағы Қазақ мемлекеттік университетінің, «Тұран» университетінің, Қоғамдық денсаулық сақтау жоғары мектебінің түлегі, қоғамдық денсаулық сақтау саласында МВА және іскерлік басқару саласында Executive MBA дәрежесінің иегері Надыров Камалжан Талғатұлы басқарып келеді. Камалжан Талғатұлының басшылығымен «Астана медицина университеті» КеАҚ-тың 2022-2026 жылдарға арналған жаңа Даму стратегиясы әзірленіп қабылданды, оның шеңберінде университетті зерттеу университетіне айналдыру жұмыстары басталып, маңызды іс-шаралар жүзеге асырылды. Атап айтқанда: академик Е.Д. Даленов атындағы Медициналық-профилактикалық Ғылыми-зерттеу институты, академик Ж.Х. Хамзабаев атындағы Радиология ҒЗИ ашылды, Healthcare Akademy, Aстана медицина университетінің Даму қоры, модернизацияланған симуляциялық орталық ашылды. «Астана Опера» театрында студенттер қатарына қабылдау шарасын жаңа форматта өткізу және оқу бітірушілерге дипломдар табыстау, коммерцияландыру кеңсесін құру, «Жас ғалым» форумын өткізу, Университет музейінің Ғылыми-әдістемелік кеңесін ұйымдастыру жұмыстары жүргізілді, Yandex Cloud Kazakhstan трансұлттық компаниясымен, Астана хабымен және Жасанды интеллектті дамыту қауымдастығымен денсаулық сақтау саласында цифрлық технологияларды дамытуға бағытталған меморандумдарға, Стамбул Медипол университетімен стратегиялық серіктестік жөніндегі меморандумға, Ресей Федерациясының Ғылым және жоғары білім министрлігімен меморандумдарға қол қойылды.